Quanto à sua administração, o FUNTTEL está subordinado a um Conselho Gestor, constituído por um representante de cada órgão ou entidade a seguir, designados pelo Ministro das Comunicações:

1. Ministério das Comunicações - MC;
2. Ministério da Ciência e Tecnologia - MCT;
3. Ministério do Desenvolvimento, Indústria e Comércio Exterior - MDIC;
4. Agência Nacional de Telecomunicações - ANATEL;
5. Banco Nacional de Desenvolvimento Econômico e Social - BNDES; e
6. Financiadora de Estudos e Projeto - FINEP.

Presidido pelo representante do Ministério das Comunicações, o Conselho Gestor tem como principais atribuições:

• Aprovar as normas de aplicações dos recursos em programas, projetos e atividades prioritárias na área de telecomunicações;
• Aprovar, acompanhar e fiscalizar a execução do plano de aplicação de recursos a ele submetido pelos agentes financeiros e pela Fundação CPqD;
• Submeter, anualmente, ao Ministério das Comunicações a proposta orçamentária;
• Prestar contas da execução orçamentária e financeira.

Para desempenho de suas atribuições, o Conselho Gestor do FUNTTEL conta com o apoio de servidores do MC que exercem as atividades inerentes à Secretaria Executiva deste Fundo. A Secretaria Executiva é ocupada por servidor do Ministério das Comunicações, designado pelo Presidente do Conselho.