O custo dos financiamentos com recursos do BNDES é composto por:

Para operações diretas = Custo Financeiro + Remuneração do BNDES + Taxa de Risco de Crédito

Para operações indiretas = Custo Financeiro + Remuneração do BNDES + Taxa de Intermediação Financeira + Remuneração da Instituição Financeira Credenciada

Veja: Formas de Apoio do BNDES

A) Custo Financeiro

A composição do custo financeiro inclui um ou mais dos seguintes índices:

• TJLP - Taxa de Juros de Longo Prazo;
• TJ-462 - Taxa de Juros Medida Provisória 462 = TJLP + 1,0% a.a.;
• Cesta - Variação do dólar norte-americano ou variação da UMBNDES acrescido dos encargos da Cesta de Moedas;
• IPCA - Índice Nacional de Preços ao Consumidor Amplo acrescido de encargos;
• TS - equivalente à Taxa Média SELIC (TMS) acumulada, apurada pelo Banco Central do Brasil em base diária;
• TJ3 - custo flutuante de mercado em Reais equivalente à  taxa de juros, em Reais, formada pela aplicação de encargo fixo sobre taxa fixa de juros de mercado, para o prazo de 3 meses, apurada e divulgada pela BM&F BOVESPA (código TJ3) com base nos preços de referência dos contratos de DI-Futuro;
• TJ6 - custo flutuante de mercado em Reais equivalente à  taxa de juros, em Reais, formada pela aplicação de encargo fixo sobre taxa fixa de juros de mercado, para o prazo de 6 meses, apurada e divulgada pela BM&F BOVESPA (código TJ6) com base nos preços de referência dos contratos de DI-Futuro.

As linhas de apoio às exportações utilizam também os seguintes índices:

• LIBOR acrescida da variação do dólar norte-americano;
• TJFPE - Taxa de juros fixa pré-embarque acrescida da variação do dólar norte-americano. 

O custo dos recursos do BNDES tem origem nas fontes (FAT, BIRD, BID, etc.) onde são captados os recursos que dão lastro para a sua operação. No custo de captação, além da taxa, incidem também as variações de moedas/encargos, que são repassadas nas suas operações de financiamento.

O Custo Financeiro será Cesta para operações com empresas cujo controle seja exercido, direta ou indiretamente, por pessoa física ou jurídica domiciliada no exterior, destinadas a investimentos em setores de atividades econômicas não enumerados pelo Decreto nº 2.233/97

B) Remuneração do BNDES

Remunera a atividade operacional do BNDES. Varia em função das prioridades para atuação do BNDES.

C) Taxa de Risco de Crédito

Remunera o risco de crédito do BNDES. Varia em função do risco de crédito do tomador do financiamento.

D) Taxa de Intermediação Financeira

É a taxa que reflete o risco sistêmico das Instituições Financeiras Credenciadas, limitada a 0,5% ao ano. As operações com Micro, Pequenas e Médias Empresas, operações na Linha Apoio às Exportações - Pré-embarque Empresa-Âncora e na Linha Modernização da Administração Tributária e Gestão dos Serviços Sociais Básicos - BNDES PMAT estão isentas da taxa de intermediação financeira.  Nas operações na Linha Leasing de Bens de Capital incide Taxa de Intermediação Financeira independentemente do porte da empresa arrendadora ou arrendatária.

E) Remuneração da Instituição Financeira Credenciada

É a taxa que reflete o risco de crédito assumido pelas Instituições Financeiras Credenciadas, e será determinada pela instituição repassadora dos recursos.